La transizione è cominciata un paio di settimane fa con il rilascio del software Skype 6.0 che permette alle persone di utilizzare il servizio di comunicazione online utilizzando l'account Microsoft.
"Vogliamo concentrare i nostri sforzi e rendere le cose più semplici per i nostri utenti, migliorando continuamente l'esperienza complessiva", ha detto Skype.
Messenger andrà in "pensione" in ogni paese, tranne che in Cina, in cui cesserà di esistere solo nel primo trimestre del 2013.
Microsoft l'anno scorso aveva comprato Skype rafforzando la propria presenza nel web, dominato da Google e Facebook.
Skype era stato creato nel 2003. Messenger era nato invece nel 1999 come MSN Messenger ed era diventato sei anni più tardi Windows Live Messenger.